Der Stiftungsrat ist das oberste Entscheidungsorgan der Stiftung. Er erneuert sich durch Kooptation und ernennt seinen Präsidenten in Abstimmung mit dem Jacobs Familienrat. Die Mitglieder des Stiftungsrates müssen mit ihrem Leistungsausweis und ihrem Wissen insgesamt die Aufgabengebiete der Stiftung abdecken sowie über Erfahrungen mit internationalen Projekten verfügen.