Meaney erforscht die molekularbiologischen Grundlagen sozialer Erfahrungen. Sein Forschungsinteresse liegt in den Fragestellungen: Wie interagieren Gene und Umwelt miteinander, um individuelle Unterschiede in der Gehirnfunktion zu erzeugen? Wieso können einige Menschen besser mit Krankheit, psychischen Problemen oder sonstigen widrigen Lebensumständen umgehen, als andere? Lässt sich die Anfälligkeit eines Individuums für bestimmte Umwelteinflüsse biologisch ablesen und könnte man sie durch geeignete Interventionsmassnahmen eindämmen oder gar langfristig aushebeln?